いわゆる一人会社で、持ち家を会社へ貸す場合の留意点は？
問題の所在
当事務所の法人の顧問先様のうち、スモールビジネスでは、個人の自宅を法人の事務所と兼用にされている方が大半である。
そのため、所得税でいうところの、個人事業主の家事関連費の按分のように、個人で支払い済の家賃の一部を、会社の地代家賃に計上しているが、以下の論点もあるので、備忘メモ。
結論
ポイントは以下の３点：
・個人の持ち家を会社に賃貸すると、個人で不動産所得の確定申告が生じる
・賃料の設定のポイントは、主に持ち家の減価償却費
・持ち家の、最初の住宅ローン控除の申請の際に、家事関連費の割合をオンしておく必要がある
・持ち家の売却時には、売却直前時点での家事関連費の割合でいいので、売却予定があれば、家事関連費１００％に帳簿上、戻しておくこと
理由
以下の記事が参考になる：
社長が会社に自宅を貸して法人税を節税？
http://www.sugitax.jp/15113295619340
（以下、一部抜粋）
不動産所得は収入から必要経費を差し引いて計算します。また、青色申告承認申請書を期限内に提出し、簡易帳簿を備えていれば、青色申告特別控除として10万円を控除することができます。
したがって、（年間賃料） ＜ （年間必要経費＋10万円）
であるならば、不動産所得は発生しないことになります。
要するに、年間必要経費を計算した上でそれを少々上回る程度の賃料を設定しておけば、不動産所得は発生せず、無駄な税金を払う必要はなくなるワケです。
必要経費として代表的なものは、建物の減価償却費・固定資産税・火災保険料・その他維持修繕費があげられるでしょう。これらを居住用部分と事務所部分とに合理的な基準（床面積等）で分け、事務所部分に対応するコストが不動産所得計算上の必要経費となります。
自宅を会社に適切な賃料で貸し付ければ、所得税を発生させずして、法人税を節税できるのです。
（筆者追記）
・金額のベースは減価償却費であろう。
・過去の個人の確定申告書があれば、他の給与所得や税額控除の情報も取込んで、より正確なシュミレーションが可能になる。
住宅ローン控除・3,000万円控除いずれも、居住している部分に対してのみ適用があります。
つまり、事務所部分に対しては適用がないことに注意しなくてはなりません。
（以下の一部、筆者省略）
例えば、毎年概ね30万円の住宅ローン控除を適用していた社長が、自宅の40％部分を事務所用として会社に賃貸するということになると、住宅ローン控除額は18万円（＝30万円×60％）に目減りしてしまう可能性があります。
また、売却時の3,000万円控除につきましては、仮に自宅の40％部分を事務所用として会社に賃貸しているならば、特別控除額は1,800万円（＝3,000万円×60％）に激減します。
なお、居住用部分が概ね90％以上の場合には、その全体が居住用であるものとして特例措置を100％適用してOKとする通達が存在します。
（住宅ローン控除に関しては＜措置法 通達41－29＞、3,000万円控除に関しては＜措置法 通達31の３－８＞をご参照ください。）
通達にならって住宅ローン控除をフル適用するならば、事務所用部分は最高でも10％までとなります。(要するに、法人サイドでの節税効果はほぼ見込めず、個人法人双方の良いとこどりはできないということです。)
住宅ローン控除は10年にわたって適用できる制度であり、その適用期間中の毎年末時点における居住判定が要求されますので、事務所部分の範囲設定には十分に気を付ける必要があるでしょう。
一方で、3,000万円控除に関しては、あくまでも売却時点において居住判定をすることになります。
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補足
特記事項なし。
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